ტრანზიტული საგანმანათლებლო პროგრამის მონიტორინგი გულისხმობდა ერთი მხრივ, ბოლო წლებში პროგრამის შესახებ დაგროვილი ცოდნისა და გამოცდილების ანალიზს, იმ პირებისგან მოპოვებული მონაცემების საფუძველზე, ვინც უშუალოდაა ჩართული პროგრამის განხორციელებაში, ხოლო მეორე მხრივ, საჯარო სკოლებში არსებული სოციალური გარემოს შეფასებას, რომელიც შესაძლებელს გახდიდა ე.წ. მიუსაფარ ბავშვებთან მიმართ სკოლის და მისი პერსონალის მზაობისა და მიმღებლობის შეფასებას.

ISSA-მ რაოდენობრივი კვლევის მეთოდით მოიცვა 26 საჯარო სკოლა, სადაც პროგრამის ბენეფიციარები ამჟამად სწავლობენ. კვლევის ფარგლებში გამოიკითხა სკოლის 26 დირექტორი/დირექტორის მოადგილე და საგნის 63 მასწავლებელი. ამავე დროს, რაოდენობრივი კვლევის ფარგლებში ინტერვიუები ჩატარდა ე.წ. მიუსაფარ ბავშვებთან მომუშავე 6 დღის ცენტრის 26 თანამშრომელთან. კვლევის ფარგლებში ჯგუფური დისკუსია გაიმართა ტრანზიტული პროგრამის სპეციალისტებთანაც.

თვისებრივი კვლევის ფარგლებშივე განხორციელდა შემთხვევის შესწავლა (case study), რომელიც 10 მოსწავლის შემთხვევის შესწავლას გულისხმობდა. აღნიშნული 10 შემთხვევისათვის შეირჩა მოსწავლეთა ორი ჯგუფი: 1) სპეციალური საგანმანათლებლო საჭიროების მქონე მოსწავლეები, ვისაც აქვს შშმ პირის სტატუსი ან განვითარების სხვადასხვა სფეროში არსებული თავისებურებები  (ჯგუფი 1) და (2) სახელმწიფო პროგრამაში  „განათლების მიღების მეორე შესაძლებლობა სასწავლო პროცესის მიღმა დარჩენილი ბავშვებისთვის საქართველოში“ (ტრანზიტული საგანმანათლებლო პროგრამა) ჩართულ მოსწავლეები (ჯგუფი 2).

შემთხვევის შესწავლის მიზანი იყო იმ ფაქტორების ანალიზი, რომელიც გავლენას ახდენს სპეციალური საგანმანათლებლო საჭიროებების მქონე (სსსმ) მოსწავლის სასწავლო პროცესში ჩართვის ეფექტურობაზე.

კვლევითი სამუშაოები მოიცავდა პერიოდს 2017 წლის მაისიდან ამავე წლის ნოემბრის ჩათვლით.